Bursa’daki Hristiyanlar’dan haraç ve cizye vergilerini topladıkları için Haraççıoğlu veya Cizyederzade olarak anılan dönemin ileri gelen bir ailesi tarafından yaptırılmıştır.

Osmanlı döneminde uzun yıllar zafiye olarak hizmet veren tesis, kurucusu Cizyedarzâde Hüseyin Ağa’nın ölümü ile yerine geçen oğlu Rıfkı İbrahim Efendi tarafından medreseye çevrilmiştir.

Bir zamanlar Orhan Kütüphanesi’nden sonra Bursa’nın ikinci büyük kütüphanesi olan Haraççıoğlu Medresesi Kütüphanesi, sonradan Orhan Kütüphanesi ile birleştirilmiştir.

Cumhuriyetin ilk yıllarında kütüphanede 1600’den fazla kitap bulunduğu bilinmektedir.

Günümüzde bu kitapların çoğu İnebey Yazma Eserler Kütüphanesi’nde yer almaktadır.